نخست از بعد فراگيرى آن نسبت به جميع رشته‌هاى علمى و فنّى كه در تمدن اسلامى و زندگى دنيايى و آخرتى مردم مسلمان نقش داشت . و دوّم از بعد شاخه‌ها و دانشكده‌هاى وابسته كه در بعضى از شهرهاى ديگر مثل كوفه به فعّاليت مشغول بود . مسجد جامع كوفه در آن روز حكم دانشكده‌اى را داشت كه به دانشگاه مدينه وابسته بود و پرورش يافتگان مكتب امام صادق ( ع ) در آنجا گرد مىآمدند و علوم و معارف فرا گرفته شده از آن حضرت را براى مردم بازگو مىكردند . پيش از اين به سخن حسن بن على بن وشاء اشاره كرديم كه گفت : من در مسجد كوفه نهصد نفر بزرگمرد را درك كردم كه همهء آنان از جعفر بن محمد حديث نقل مىكردند . ه - استقلال آن : هويت مستقل دانشگاه جعفرى و عدم وابستگى آن به دستگاه خلافت ، از مهمترين ويژگيهاى آن بشمار مىرود و اين در حالى بود كه ساير مدارس و حوزه‌هاى علمى و مؤسسات آموزشى موجود در آن زمان ، هر يك به نحوى زير نظر دولت بودند و از سوى آن ارتزاق كرده مورد حمايت قرار مىگرفتند ؛ در نتيجه ناچار بودند خط مشى علمى و فرهنگى خود را در چارچوب مصالح حكومتى ترسيم كنند . اين دو خط مشى « مستقل » و « وابسته » نسبت به حوزه‌هاى علميّهء شيعى و اهل سنت از همان زمان صدر اسلام آغاز گشته و تاكنون ادامه دارد . هم اكنون نيز برغم آنكه نظام حق و عدالت جمهورى اسلامى بر ايران حكومت مىكند ، ليكن حوزه‌هاى علميهء تشيّع همچنان مستقل از حكومت و زير نظر مستقيم مراجع بزرگ تقليد اداره مىشوند ، و اين از مهمترين ويژگيها و امتيازهاى حوزه‌هاى علميّه شيعى است كه از حوزه علميّه بزرگ مؤسس فقه جعفرى سرچشمه مىگيرد . « 1 »

--> ( 1 ) - اصل ويژگيهاى پنجگانه از المجالس السنيّة ، ج 2 ، ص 347 - 348 ، گرفته شده است .